Mở đầu câu chuyện Thám Tử Lừng Danh Conan, Shinichi Kudo, một học sinh trung học 17 tuổi (trong manga là 16 tuổi), bất ngờ bị biến thành cậu bé Conan Edogawa.
Trong phần đầu của câu chuyện, Shinichi được miêu tả là một thám tử học đường tài ba. Một ngày nọ, khi đi chơi tại công viên “Miền Nhiệt đới” cùng với cô bạn từ thuở nhỏ và cũng là bạn gái, Ran Mori, cậu đã gặp phải một vụ án kỳ lạ. Một hành khách trên Chuyến tàu tốc hành trong công viên, Kishida, đã bị giết một cách rùng rợn.
Shinichi đã nhanh chóng làm sáng tỏ vụ án này, nhưng trên đường về, cậu lại chứng kiến một hoạt động mờ ám của những người đàn ông mặc áo đen. Khi Kudo bị phát hiện, cậu đã bị đánh ngất. Những người đàn ông này đã cho cậu uống một https://motphims1.com loại thuốc độc chưa qua thử nghiệm mang tên Apotoxin-4869 (APTX4869) nhằm mục đích thủ tiêu cậu.
Tuy nhiên, chất độc không giết chết Kudo như họ mong đợi. Khi tỉnh dậy, cậu kinh hoàng phát hiện ra rằng cơ thể mình đã bị teo nhỏ và biến thành hình dáng của một cậu học sinh tiểu học. Từ đây, cuộc hành trình của Conan Edogawa bắt đầu với nhiều bí ẩn và vụ án thú vị đang chờ đón.